小智御三家分别是妙蛙种子、喷火龙、杰尼龟。

妙蛙种子：小智将妙蛙种子留在大木博士的研究所负责调解神奇宝贝们的纷争。

喷火龙：在EP135中，为了让喷火龙更好的修行，小智将它留在了喷火龙山谷｡在BW118中重新回到小智身边，并且和小智继续旅行一阵子｡

杰尼龟：和自己的小弟们团聚，并成为消防队队长。

小智的御三家结局 扩展

小火龙最后进化为喷火龙，因为见识过喷火龙山局的强大实力，留在了山谷历练。

杰尼龟最后带领小弟们留在警察局帮忙灭火。妙蛙种子留在了小刚的饲养园里保护宝可梦。